Η Θεολογική Σχολή Εκκλησίας Κύπρου ιδρύθηκε το 2015 ως Ιδιωτική Σχολή Τριτοβάθμιας Εκπαίδευσης (Ι.Σ.Τ.Ε.), σύμφωνα με την ισχύουσα νομοθεσία, με την έγκριση του τότε Υπουργού Παιδείας και Πολιτισμού (δυνάμει των εξουσιών που του χορηγεί η σχετική νομοθεσία – βλ. http://www.cylaw.org/nomoi/enop/non-ind/1996_1_67/index.html), ενεγράφη στο Μητρώο Ι.Σ.Τ.Ε. του Υ.Π.Π. της Κύπρου, από τις 19 Ιουνίου 2015 και, έκτοτε, λειτουργεί υπό αυτό το καθεστώς.
Στο παρόν στάδιο προσφέρει δύο ΠΣ: ένα Προπτυχιακό Πρόγραμμα Σπουδών στη Θεολογία και ένα Μεταπτυχιακό Πρόγραμμα Σπουδών στην Ψυχολογία (Εφαρμογές Ψυχολογίας και Συμβουλευτικής στην Κοινότητα).